Zadebiutowała w 2013 roku partią tytułową w Rusałce Dvořáka podczas koncertowego wykonania tej opery w Filharmonii Dolnośląskiej. Rok później w Operze Wrocławskiej miał miejsce jej debiut sceniczny w roli Desdemony w Otellu Verdiego. W repertuarze ma również m.in. partie Cio-Cio-San w Madame Butterfly Pucciniego, Tatiany w Eugeniuszu Onieginie Czajkowskiego, Tamary w Demonie Rubinsteina, Mimì w Cyganerii Pucciniego, tytułowe w Halce Moniuszki oraz Hagith Szymanowskiego, Micaëli w Carmen Bizeta, Zemfiry w Aleko Rachmaninowa, Amelii w Simonie Boccanegrze Verdiego, Ortlindy w Walkirii Wagnera i Roksany w Królu Rogerze Szymanowskiego.
Artystkę można usłyszeć m.in. w Oper Graz, Tiroler Landestheater Innsbruck, Badisches Staatstheater Karlsruhe, Landestheater Linz, Staatstheater Nürnberg, Teatrze Wielkim w Łodzi, Operze Wrocławskiej, Teatrze Wielkim – Operze Narodowej, filharmoniach: Dolnośląskiej, Kaliskiej, Koszalińskiej, Lubelskiej, Narodowej, Pomorskiej, Poznańskiej, Sudeckiej, Śląskiej, Zielonogórskiej oraz Koszyckiej, a także w Narodowym Forum Muzyki.
Joanna Zawartko współpracowała z takimi dyrygentami jak m.in.: Bassem Akiki, Adam Banaszak, Jakub Chrenowicz, Marzena Diakun, Seokwon Hong, Jacek Kaspszyk, Michał Klauza, Roland Kluttig, Rafał Kłoczko, Tadeusz Kozłowski, Patrick Lange, Ewa Michnik, Marcin Nałęcz-Niesiołowski, Marek Pijarowski, Markus Poschner, Wojciech Rodek, Zygmunt Rychert, Jerzy Salwarowski, Robertas Šervenikas, Ruben Silva, Daniele Squeo, Piotr Sułkowski, Jan Ślęk, Lutz de Veer, Johannes Willig, Tadeusz Wojciechowski.
Ukończyła Akademię Muzyczną we Wrocławiu w klasie śpiewu solowego prof. Agaty Młynarskiej-Klonowskiej. Jest laureatką międzynarodowych i ogólnopolskich konkursów, m.in.: 9. Międzynarodowego Konkursu Wokalnego im. Stanisława Moniuszki w Warszawie i 49. Międzynarodowego Konkursu Wokalnego im. Antonína Dvořáka w Karlovych Varach.
Laureatka nagrody Koryfeusz Muzyki Polskiej 2018 w kategorii Odkrycie roku.